1、在液相色譜法中，使用多種溶劑作為流動相，當進行分析時所需成本高于氣相色譜法，且易引起環境污染。當進行梯度洗脫操作時，它比氣相色譜法的程序升溫操作復雜。
2、液相色譜法中缺少如氣相色譜法中使用的通用檢測器（如熱導檢測器和氫火焰離子化檢測器）。近年來蒸發光激光散射檢測器的應用日益增多，有望發展成為液相色譜法的一種通用型檢測器。
3、液相色譜法不能替代氣相色譜法，去完成要求柱效高達10萬塊理論塔板數以上，必須用毛細管氣相色譜法分析組成復雜的具有多種沸程的石油產品。
4、液相色譜法也不能代替中、低壓柱色譜法，在200kPa至1MPa柱壓下去分析受壓易分解、變性的具有生物活性的生化樣品。
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