液相色譜儀適于分析高沸點不易揮發的、受熱不穩定易分解的、分子量大、不同極性的有機化合物；生物活性物質和多種天然產物；合成的和天然的高分子化合物等。它們涉及石油化工產品、食品、合成藥物、生物化工產品及環境污染物等，約占全部有機化合物的80%。其余20%的有機化合物，包括*性氣體，易揮發低沸點及中等分子量的化合物，只能用氣相色譜法進行分析。
液相色譜儀的方法的局限性
液相色譜法雖具有應用范圍廣的優點，但也有下述局限性。
1、在液相色譜法中，使用多種溶劑作為流動相，當進行分析時所需成本高于氣相色譜法，且易引起環境污染。當進行梯度洗脫操作時，它比氣相色譜法的程序升溫操作復雜。
2、液相色譜法中缺少如氣相色譜法中使用的通用檢測器（如熱導檢測器和氫火焰離子化檢測器）。近年來蒸發光激光散射檢測器的應用日益增多，有望發展成為液相色譜法的一種通用型檢測器。
3、液相色譜法不能替代氣相色譜法，去完成要求柱效高達10萬塊理論塔板數以上，必須用毛細管氣相色譜法分析組成復雜的具有多種沸程的石油產品。
4、液相色譜法也不能代替中、低壓柱色譜法，在200kPa至1MPa柱壓下去分析受壓易分解、變性的具有生物活性的生化樣品。
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